一、《交通运输部、国家税务总局关于收费公路通行费增值税电子普通发票开具等有关事项的公告》（交通运输部、国家税务总局公告2017年第66号）中规定，ETC预付费客户可以自行选择在充值后索取发票或者实际发生通行费用后索取发票。在充值后索取发票的，在发票服务平台取得由ETC客户服务机构全额开具的不征税发票，实际发生通行费用后，ETC客户服务机构和收费公路经营管理单位均不再向其开具发票。

　　二、在充值后未索取不征税发票，在实际发生通行费用后索取发票的，通过经营性收费公路的部分，在发票服务平台取得由收费公路经营管理单位开具的征税发票；通过政府还贷性收费公路的部分，在发票服务平台取得暂由ETC客户服务机构开具的不征税发票。

　　纳税人办理ETC预付费卡，并在充值后索取发票的，其取得的通行费电子发票，左上角没有“通行费”字样，“税率”栏显示“不征税”，“税额”栏不显示金额的通行费电子发票，属于不征税发票，因此不得申报抵扣进项。在充值后未索取不征税发票，在实际发生通行费用后索取发票的，则可以取得征税发票，进项税额可以申报抵扣。

　　因此，若甲公司在办理ETC充值卡时没有开具发票，而是在实际发生通行费用后支付过桥过路费5万元时，取得由收费公路经营管理单位开具的征税发票，则可以申报抵扣进项税。

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